История специального отдела по конвоированию УФСИН России по Новгородской области ведется с января 1999 года. В этот период на основании приказа Минюста России УИН Минюста России по Новгородской области принимает от войсковой части № 5491 функции конвоирования по двум плановым железнодорожным маршрутам, встречное конвоирование, а от УВД Новгородской области конвоирование по двум плановым автомобильным маршрутам. Первый караул по конвоированию был выполнен 4 января 1999 года.